اما در سال 1453 با فتح استانبول توسط عثمانی ها و حکمرانی امپراتوری عثمانی در این ناحیه، سلطان محمد دوم پادشاه عثمانی دستور داد کلیسای ایاصوفیه را به مسجد تبدیل کنند.
بلندی گنبدهای این مسجد 55 متر از سطح زمین است و به گونه ای طراحی شده که به نظر در فضا معلق است و نماد بهشت محسوب می شود. ایا صوفیه با ارزش ترین اثر باقی مانده از دوره بیزانس است و از هنرهای بی نظیر در آن می توان به موزاییک هایی که تصاویری از حضرت مریم و حضرت عیسی(ع) در آنها نقش بسته ، اشاره کرد. در دوران امپراتوری عثمانی، سلیمان اول دستور داد نقاشیها و نگارگریهای داخل کلیسا ایاصوفیه را بپوشانند تا امکان اقامه نماز جمعه در این مکان محیا گردد و سلیم دوم به معمار سنان (Sinan) دستور داد که ایاصوفیه را مرمت کند. در زمان مراد سوم، مناره و منبر و محراب به ساختمان ایاصوفیه اضافه شد. در زمان مراد چهارم، آیاتی از قرآن به خط مصطفی چلبی در دیوارها و سقف ایاصوفیه نگاشته شد.و بزرگترین کلیسای جهان به مسجد بزرگ اباصوفیه تبدیل شد.
با گذشت زمان، پس از اعلام حکومت جمهوری در ترکیه و به قدرت رسیدن آتاترک، ایاصوفیه تبدیل به موزه فرهنگی گردید و تا امروز به همین شکل باقیماندهاست ، معماری بی نظیر،شکوه و عظمت ، اباصوفیه را به نماد شهر استانبول تبدیل کرده و هم اکنون مسجد ایا صوفیه از عجایب هفتگانه دنیا به شمار می رود.
شکوه و زیبایى ایاصوفیه پیوسته توجه جهانگردان را به خود جلب کرده است؛ و از مراکز مهم جهانگردی دنیا و از منابع بزرگ درآمد جمهوری ترکیه می باشد. مردم استانبول در روز یکشنبه برای تفریح به این محل می آیند و گرد هم جمع می شوند..اگر قصد سفر به استانبول را دارید حتما زمانی را برای بازدید از این بنای بی نظیر در نظر بگیرید.